これはMarsEdit側の問題だな……。

　はてなブログにカテゴリ付きの投稿がMarsEditでできない問題、はてなブログさんからは動作に問題はないという回答が来たのと、あと同じAtomPubAPIを使っているLiveDoorBlogで試しても同じ状態になるのでサーバ側の問題ではなくクライアント側の問題だと思います。
　MarsEditのDnielさんにできるだけ平易な文章を書いて自動翻訳したメールを送り返したんですが、意味が通じるのか若干不安です……。

　MarsEditの更新で直ってくれれば一番なんですけどね。